《三国志》中，我们多次可以见到“军师”这一名称，有的为“军师中郎将”，有的为“军师将军”，还有的称为前军师，中军师，后军师等，但在蜀国，军师这一职务与蜀汉政权建立以及政治核心的变迁有着重要联系。
“军师”一词，最早可以追溯到东汉。《后汉书•；隗嚣传》中记载“（隗）嚣既立，遣使聘清平陵人方望，以为军师。”《寇恂传》也记载着“（寇）恂奉玺书至第一，（高）峻遣军师皇甫文出谒，辞礼不屈，恂怒……遂斩之，遣其副归造竣曰：‘军师无礼，已戮之矣，欲降急降，不欲固守。’峻惶恐，即日开城门降。”后来诸将问寇恂为何能杀其使臣而降其城，寇恂说：“皇甫文，峻之腹心，其所取计者也，今来辞意不屈，必无降心，全之则文得其计，杀之则峻亡其胆。”由此可知，在东汉时期，军师一职仅作为私设，尚未成为国家正式官职，其执掌仅仅是随从谋议，参与决策机务，为“取计者”而已。
但到了东汉末年，由于战争频繁，诸雄争霸，军队决策对于战争成败愈显重要，因此各军事集团在扩充军力同时，也注意网罗人才，参谋军机、军师一职普遍设立“公府之属，增至百余，军师之名，遍列诸署。”袁绍以卢损为军师，“至魏武帝又置师官四人，以荀攸为军师，军国、选举及刑狱、法制皆使决焉，又梁义为左军师，吴朱然为右军师”，而且军师之职也更加重要，在魏国，既参军谋，又典吏选，刑法。甚至还有监军之职，例如诸葛亮方出祁山，与司马懿相持百余日，亮以由巾帼妇人之服辱之，懿上表请战。“帝使卫尉辛毗杖节为军师以制之。”在吴国，军师只由丞相、大司马之职方可兼任，丁奉、全琮以右大司马兼左军师，朱然以左大司马兼领右军师，张悌则为丞相军师，可见其职务之重。
在蜀国，军师之制更有其不同于魏吴两国的特点。蜀国职官虽基本上延承汉制，但多有创新之处，在赤壁之战后，刘备率军进占武陵、长沙、桂阳、零陵，庐江营帅雷绪率部曲数万口归备，“备以诸葛亮为军师中郎将，使督零陵，桂阳、长沙、三郡调其赋税以充军实，”刘备领荆州时，还曾以庞统为治中从事，与亮并为军师中郎将。军师中郎将为刘备一时的军事创置，但不同于魏国，他不仅参与军事谋议，更重要的是握有兵权，可领军征战，故既可独自镇守一方，又可随主征讨。在进攻刘璋的战争中，诸葛亮、张飞、赵云就曾分兵三路，从川北、川东、川南溯江而上，分定郡县，刘备此时也用庞统之计，斩杨怀等，回师成都，但在进攻雒县时，庞统率军队攻城，为流矢所中而卒，此时军师中郎将作用就是出谋划策同时领兵作战。
成都平定后，刘备以诸葛亮为军师将军，署左将军府事，从此正式设置军师将军这一将军号，其职掌仅是处理左将军府一般的日常行政事务，镇守成都，足食足矣，为刘备在前方征战提供后勤支援与保障。刘备此时真正的谋主则是法正，法正劝说刘备平定汉中，认为“今策渊、郃才略，不胜国之将帅，举众往讨，则必可克之。”刘备听从了他的意见，后来，法正随从刘备进取汉中，出谋划策，大破夏侯渊，使法正在刘备心中威望极高，并任为尚书令。在夷陵之战败后，诸葛亮不禁叹曰：“法孝直若在，则必能制主上令不东行，就复东行，必不倾危矣。”但此时身为丞相兼军师将军的诸葛亮为何却无力参与这几次对蜀国生死攸关的战略决策？究其原因，我们可以看到东汉中后期以来，政治制度上的一系列转变。“自后汉时虽置三公而事归台阁，尚书始为机衡之任，然当时尚书不过预闻国政，未尝尽夺三公之权也。”在蜀汉政治中，刘备大权独揽，尤其牢牢控制军权，同时让法正参谋军议，引为私人，并让其典尚书令，掌军机大政，由此带来的后果，就使相权受到削弱，仅能处理一般国事，而无法参与军机决策，军师将军其实际职务便降低，既无法征伐，又不随从参谋，渐成虚职，《通志》云：“盖汉之典事尚书中书者，号为天子之私人，及叔季之世，则奸雄之谋篡夺者，亦以其私人居是官……大权一出于私门，然三公未容遂废也。”由此可见，军师将军职位变化，很大程度上反映了蜀国君权与相权的关系，反映了刘备此时有意要控制兵权，加强王权，巩固其统治地位，同时，不使丞相有过多兵权，造成难以制约的局面。他将行政权与军权分离，以致诸葛亮的军师将军成为虚设的荣誉衔。
而当刘备死后，刘禅即位，蜀国形势为之大变，诸葛亮既身为丞相录尚书事，又领益州牧，“开府治事”“政事无巨细，咸决于亮”，诸葛亮总理军国大政，一方面与吴亲善，一方面平安南中，还要北伐曹魏，为实现北伐，就必须统一事权，加强相权，尤其加强其手中的兵权就变得迫在眉睫。但刘备死前，托孤于丞相诸葛亮和尚书令李严。则是为了让两人共同辅政，同时也可以互相制约，因此“以严为中都护，统内外军事，留镇永安。”让李严掌握军权对相权构成一定的牵制作用，所以诸葛亮利用北伐之机，将李严调往汉中，收其兵权，仅让其“蜀府事”，尔后罢之，从而一步步将兵权并入丞相府，使丞相府实际上成为蜀国中央政权的决策中心。诸葛亮通过控制朝廷，又进一步左右了皇帝，使“宫中府中俱为一体，”行政权与军事权合二为一，军师将军则成为丞相的军事统帅权的象征。
由于事权总归于诸葛亮一人，丞相府在一定意义上讲成为蜀汉的中央政府，政由此出，兵由此发，府中则设置司马、长史、参军等职，以帮助丞相运筹帷幄。因此，实际上他们既是私属吏，从另一种意义上又是王官，其署府事实际上成了署国事，他们是由丞相个人选拔的，但又是国家正式承认并任命的，因而有正式官品，其中资历高的人就迁为前军师、中军师、后军师，负责统军作战。
《三国志》中记载诸葛亮执政时期，有前军师魏延，（行）中军师刘琰，“五年，诸葛亮驻汉中，更以延为督前部，领丞相司马，凉州刺史。八年，使延西入羌中，魏后将军费瑶，雍州刺史郭淮与延战于阳溪，延大破准等，迁为前军师，征西大将军，假节，进封南郑侯。”另一处裴注中称“使持节前军师征西大将军领凉州刺史南郑侯。”因此，我们可以看出身为前军师的魏延负责领军征伐，典军政，统兵作战是魏延主要职责。他虽可参与谋议，但统统不被采纳，“每随亮出，辄欲请兵万人，与亮异道会于潼关，如韩信故事，亮制而不许。”而实际负责军戎节度的则是丞相长史杨仪。“亮数出军，仪常规画分部，筹度粮谷，不稽思虑，斯须便了。”因此，杨仪是执掌军事调度，为丞相职参谋议，而魏延恼怒杨仪的原因不仅仅是“杨仪不假借延”，更重要的是因为他身为前军师，征西大将军，使持节（有权斩杀2千石以下官吏）的魏延竟受丞相长史的节制调度，而不得施展。由于魏延资历远较杨仪深，又手握重兵，身居显位，其计却不为诸葛亮所纳，故“每至并坐争论，延或举刃拟仪，仪泣涕横集。”而后来杨仪派马岱追斩魏延，当“致首于仪，仪起身踏之，曰：‘庸奴，复能作恶不。’”并夷延三族，由此看来，也就不足为奇了。
诸葛亮执政时期，还有中军师刘琰，刘琰虽也领兵，但仅“领兵千余”，虽也议论，但仅是“随丞相亮讽议而已。”他既无法领军作战，又不能为诸葛亮出谋策划，参谋军机，他成为中军师，仅仅是凭借着他的资历，都乡侯，班位每亚李严，迁车骑将军，这里的中军师只是表明他资历深，而手中并无实际权力，仅有其名无其实而已。另一处裴注称：“行中军师车骑将军都乡侯。”盖此处“行中军师”当是其真正名号，加“行”说明他是暂时代中军师，其官品高，而职务低，甚至可能是虚职，这反映出当时蜀国已出现职官与职事的分离，“行中军师”类似于后代的武散官，有职务者为执事官，无职务者为散官。此处令人不解的是诸葛亮为何以刘琰为行中军师，又为何在最后一次北伐前夕以其呼卒挝妻的小过而沦罪弃市。对于前者是，我以为大概正如诸葛亮设正行参军。“除拜则为参军事，府版则为行参军。”只将他作为府授，而非朝廷正员，把刘琰纳入府中，只随亮讽议，而不预国政，防止他以其资望高且善谈论而有不测之事发生。对于后者，也许正如刘琰所承认的那样：“禀性空虚，本薄操行，加有酒荒之病……间者迷醉，言有违错”以致于诸葛亮再也不能“慈恩含忍”，于是将他“致之于理”，竞至弃市。究其真实原因，还有待进一步考证。
建兴十二年，诸葛亮最后一次去北伐，八月，卒于军中。丞相长史蒋琬为尚书令，领益州刺史，为行都护，后迁大将军，录尚书事，由蒋琬开始主持蜀汉的军国大事。延熙元年，开府，第2年，加大司马。诸葛亮死后，丞相司马费祎为后军师，顷之，代蒋琬为尚书令，琬自汉中还朝后，费祎迁大将军，录尚书事，中监军邓芝也迁为前军师，前将军，督江州，由此可见，原丞相府的属吏大都转眼见成为国家正式官员并执掌国家大权。值得注意的是杨仪，杨仪被拜为中军师，但无所统领，仅从容而已，后由于诽谤朝廷，而收狱自杀。以上可以看出，诸葛亮死后，后主废丞相之职不设，虽未罢相府，但相府之权全部转移到了尚书台，由中央朝廷总揽国家大权，原相府中大部分官吏即府属吏成为由国家任命的官员即王官，而另一些没有转化为中央官吏的私属吏，其地位则一落千丈，被排除出决策层，正如原丞相长史杨仪，“无所统领”，故而“怨愤形于声色，叹咤之言发于五内。”此时的前军师，中军师，后军师仅成为虚衔，仅是表明他从前的功绩，资历的标志，也只是加号，是荣誉衔，这种转变，很大程度上反映出王权的复振，蜀国逐渐废丞相，王公之职，仅保留大将军，琬卒，禅乃自摄国事。”因而军师成为为功臣设的勋位，“军师将军”一名一直延续到隋代，后不设。
综上所述，军师一职的变迁，反映了蜀汉王权与相权的消长，成为蜀国政治中很有特点的一部分；从军师中郎将到军师将军，又到前、后、中军师，其职务的变迁，正反映出蜀汉政治权力重心在相府与中央尚书台之间的交替转移。
