当时华佗治好头痛后，也确实被曹操留在曹营，当时华佗心里不乐意，可又不好直说。有一天，华佗要求曹操让他离去，因为天下间尚有很多人要他医治。曹操便要求他先替他找一种根治头痛的长效药。
华佗觉得曹操的话也不算过分，他想：丞相伐董卓，平叛乱，也是造福民众，于社稷江山有益。假若不把他的病根医好，一旦在战场上发病，岂不坏了大事？
回到自己的帐房，华佗并没有马上便走，而是日夜翻书查典。七翻八找，他缍在自己祖父记载的秘方里，找到一种能根治头痛的药方。只是这种药方里有一味药，是地下棺木中的死尸长着的一种小虫，名叫僵虫。这僵虫有剧毒，稍有半点不慎，就会使人中毒而死。所以，华佗的祖父在秘方上批一眉批：“禁用”。
华佗决定用这个方子给曹操治头痛病。不过，药煎好后，他担心曹操中毒，就自己先倒了一小碗，想喝了试试，看看有什么反应。哪知药服下不久，他就满腹钻心的痛，站立不稳，倒在地下直打滚。
华佗知道自己中了毒，等他叫人喊来曹操时，已说不出话了，就用脚喝翻了药罐，意思是叫曹操不可服用。不用多长时间，华佗就断了气。
曹操见华佗是为自己尝药中毒而死，不禁放声大哭了一场：先生神医，是我害了你！我不该向你要长效药方……随后，曹操下令用重礼厚葬了华佗，还追封华佗为医圣德师，俸三品薪，对华佗的家眷，也一一拨薪安置。
因华佗是在曹营里死的，曹操自己在哭华佗时也说了句：“是我害了你！”一些不了解底细的人和对曹操不满的人，便说华佗是曹操杀死的，这实在是冤枉了曹操！
